link and video dump
Posted by razor | Filed under English, Linkdump
Cleaning out various link collections, notes, txt files, bookmarks, etc.
- Open Researcher Contributor Identification Initiative: an open and independent community effort to standardize researcher identification.
- DIY Bio: A Growing Movement Takes on Aging: H+ Magazine reports on the DIYbio movement.
- Outlaw Biology at UCLA Symposium: DIYbio blog on the Outlaw Biology symposium at UCLA.
- Craig Venter at TEDMED 2009 on synthetic life.
- Synthetic biology will bring us a slimy, moist future: Wired UK on synthetic and DIY biology.
- Genetics projects of Ben Fry, who works on data visualization, graphic design, statistics, computer science, Processing, etc.
- Nonobject Design Fiction Book: The principal objective of the book is to stimulate thought: What is an object? Why do we desire what we desire? Why has “functionality” been defined in such a historically narrow way? What is beauty?
Tags: dataviz, design, diybio, genetics, orcid, synthbio, tedmed
oa magyarország
Posted by razor | Filed under Filozofálás
Turkáltam a zinterneten és hirtelen beütöttem a keresőbe az “open access” és Hungary/Magyarország szavakat, aminek a következő lett az eredménye.
Van egy Digital Repository Infrastructure Vision for European Research (DRIVER) nevű piszmogás, amit a hetes EU keretprogram támogat(ott), és van egy Magyarországról szóló rész is, ahol igen sok a “Start text here” szöveg, de azért némi információt is tartalmaz. Itt van például az open-access.hu oldal vagy a HUNOR (HUNgarian Open Repositories) program, ami a magyarországi nyílt hozzáférés kialakítására lett kialakítva. A DOAJ alapján pedig 12 darab magyar kiadású OA folyóirattal rendelkezünk.
További turkálás után rábukkantam a Könyvtár, Információ, Társadalom nevű hírlevélre, ami egészen naprakész és sok érdekeset ír a nyílt hozzáféréssel, folyóiratpublikálással kapcsolatos dolgokról is.
Ezek ellenére kissé az az érzésem, hogy felénk nem nagyon foglalkoznak a problémakörrel, rendszeresen a klasszikus nyavajgásokat kapom, ha megemlítem a dolgot (drága, hová lesz a minőség, ellopják, stb).
Aztán egy pillanatig azon fantáziáltam, hogy mi lenne ha az MTA bevezetne valami ilyen szabályozást, esetleg az általa kiadott folyóiratokat a PLoS-hoz hasonlóan TOPAZ platformon publikálná nyílt hozzáféréssel. Ezek után magamhoz tértem, és tovább keresgélve az open-access.hu oldalon a hírek között szerepel, hogy az OTKA elméletben tényleg bevezette a nyílt hozzáférést.
A kutatási eredmény hasznosítása, publikálása során fel kell tüntetni, hogy az OTKA támogatási szerződés alapján jött létre, és a közleményben meg kell adni az OTKA-szerződés nyilvántartási számát. Az OTKA-támogatással létrejött tudományos közleményt a Nyílt Hozzáférés (Open Access) normái szerint térítésmentesen olvashatóvá kell tenni, vagy a közlés során a szabad olvashatóság jogának biztosításával vagy a közlemény megjelenését követően annak nyilvános hozzáférésű repozitóriumba való elhelyezésével. Az elhelyezés történhet intézményi vagy tudományterületi repozitóriumban, illetve az MTA Könyvtárának Repozitóriumában – REAL: http://real.mtak.hu/
A REAL adatbázisban van egyébként egy jó összefoglaló kezdőknek Holl Andrástól a témakörről, és arról, hogy mit, hogyan, hova.
Tags: hunor, magyarország, nyílt hozzáférés, oa, open access, otka
processing, pt 1
Posted by razor | Filed under English, processing
A while ago I started learning Processing, but I had to stop it because of the spanish exam and various annoying work related stuff. Now I have some time, and also had an idea I wanted to implement. I came up with it after visiting the site of Kitchen Budapest, and besides seeing some cool shit, I also ran into lots junk called [digital] art, and said ‘fuck, I can do better’. I was also inspired by a Processing webcam application. So this will be my notebook on that ‘art project’.
First I wanted a working video capture device in Processing. I had to install Quicktime, because Processing uses Quicktime for Java for video related stuff, displaying QT videos, grabbing video data from cameras [including webcams], etc. As my Dell webcam doesn’t support Quicktime, I also had to install a VDIG, a Quicktime compatible video digitizer. The original WinVDIG site is dead, but a mirror is available here, with the recommended 1.0.1 version. Video capturing almost worked by then, I just had to start Processing in WinXP compatibility mode.
Tested the system with this very complicated script.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 | import processing.video.*; Capture myCapture; void setup() { size(200, 200); myCapture = new Capture(this, width, height, 30); } void captureEvent(Capture myCapture) { myCapture.read(); } void draw() { image(myCapture, 0, 0); } |
Now I’m trying to test the only freely available Java eye tracking library, LEA. A Java library is supposed to work in Processing, yes? More stuff later.
Tags: digital art, eye tracking, java, processing, webcam
nature.com app
Posted by razor | Filed under English, Szolgáltatás
A new iPhone app for nature.com is available at the iTunes store. The interesting part is that you can access all content freely for a while, as the developers are gathering user feedback. So if you have an iPhone, go for it and download the site (or at least the articles you always wanted, but couldn’t get because of the paywall).
Tags: app, iphone, nature, nature.com, science
in squid we trust
Posted by razor | Filed under Művészkedés
Tags: ben templesmith, christianity, cthulhu, squid, tentacle
tedxdanubia
Posted by razor | Filed under Agymenés
A TED konferenciák, és az attól függetlenül megrendezett, de kapcsolódó TEDx események első magyar rendezvénye, a TEDxDanubia tegnap zajlott az Uránia moziban. A TED a “technology, entertainment, design” címszavak köré csoportosítva elvileg arról szól, hogy érdekes és izgalmas emberek mutatják be terjesztésre méltó ötleteiket, elképzeléseiket, világmegváltó vagy éppen szórakoztató eredményeiket. Erre akar utalni ugye az “ideas worth spreading” jelmondat is.
Nos a magyar verzió igen harmatosra sikerült, annak ellenére, hogy a helyszín szép volt, kaja és kávé jutott mindenkinek, ment a wifi, a yuppik levették a nyakkendőt, találtam konnektort, ilyesmi. Az előadók nagyrésze viszont leginkább a siralmas jelzővel illethető, összehasonlítva őket a vetítések során látható külföldiekkel, akiknek a prezentációi egyébként a neten is fellelhetők. [És ott legalább nincs amatőr felirat, amiben bennmaradtak a kérdőjelek, alternatív fordítási javaslatok, stb.]
Az első szekcióban a három, videó közé beékelt két magyar rosszabb volt mint sok, a szemináriumon életében először előadó egyetemista. A második szekcióban Barabási Albert-László lenyomott egy jól bejáratott előadást, ahol az évekkel ezelőtt publikált eredményeiről beszélt, de legalább érthetően, és itt szerepelt Mérő László is, aki sajnálatos módon csak egy töltelékszerepet kapott. A harmadik szekció első előadója, Rachel Armstrong volt végre olyan, akire illőnek éreztem a TED jelmondatát. Itt lett volna szó a KiBu-ról is, ami roppantul érdekelne, de kaptunk helyette versbabot, ami biztos nagyon jó. Hallgattunk emellett kurvára nem ideillő, de egyébként kifejezetten jó jazz/shoegazer zenét, volt szelektív szemétválogatás a színpadon, és most már tudjuk, hogy a felhőkarcolókban nevelt disznóké a jövő.
A Más nézőpont című negyedik szekcióban volt wikipédia meg pornó, identitáskeresés, Kína szándékainak latolgatása, elmondták, hogy túl sok olajat használni rossz (ééééértem?), megvolt az elcsukló hangú, szipogós mérnemszeretjükegymást, morálisválságvanalelkekben szar hippiszöveg, aztán Kiss Ulrich lenyomott egy rövid stand-up comedy-t, ami legalább feldobta kicsit a társaságot, majd Boldizsár Ildikó újra felfedezte a belső gyermeket, és azt, hogy a mesék mindenféle szimbólumokat tartalmaznak, meg nem gyerekeknek írták őket.
Zárásként Gárdi Balázs fotóriporter beszélt az alakuló globális vízkrízisről, mindezt képekkel illusztrálta (facingwatercrisis.org), aztán jött a Budapest Bár zenekar/kollektíva, ami biztos jó, de szerintem nem csak én néztem, hogy mit keres a TED színpadán egy alternatív cigányzene pop rock keverék. Végül Zwack Péter sztorizgatott a lánya asszisztálásával, és sokadjára is megtudtam, hogy hinni kell az álmainkban és csinálni kőkeményen, egekig növesztett egóval [csak az a geci valóság, az jön szembe mindig].
Összefoglalva: a szervezés jó volt, az élő előadások nagyrésze szar, és nekem túl sok volt a marketinges, hogyanlegyélsikeres, bullshit szöveg. Azért a következőre is elmegyek, hátha. Aki képeket + további linkeket akar, keresgéljen a twitteren.
Tags: konferencia, ted, tedx, tedxdanubia
nar db 2010
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English, Szolgáltatás
The Nucleic Acids Research 2010 Database Issue is out with 58 new, and 73 updated databases. The full online collection now contains 1230 databases. Besides the usual stuff, like updates on the NCBI, EBI, GeneBank or GeneOntology databases, it now contains descriptions of various resources in Japan, a new database from Slovakia, and lengthy discussions of databases previously described only briefly.
I picked a few articles, mainly dealing with transcription, transcriptional regulation, transcription factors and binding sites.
The DBTSS database contains information on the transcription start sites of human and mouse genes. These start sites, contrary to the university textbooks, and quite a few articles, are dynamically changing in various cell types and conditions. The latest update contains data of 330 million tags generated by sequencing the 5′ end of cDNAs.
JASPAR is an open-access database of transcription factor binding sites. With the latest update, it contains 457 curated, high-quality, non-redundant binding sites.
The Ensembl Genomes database integrates a huge amount of information from various sources. Besides vertebrates, it now contains data on Metazoa, Protists, Bacteria, Fungi and Plants.
The Plant Transcription Factor Database describes a number of transcription factors from various plant species, from red algae to eudicots. The annotation of the proteins, their classification, 3D structures, alignments, references and cross references to other databases are available at the website.
Riu Yamashita, Hiroyuki Wakaguri, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki and Kenta Nakai (2010) DBTSS provides a tissue specific dynamic view of Transcription Start Sites. Nucleic Acids Research, vol. 38, Database issue, D98-D104; doi:10.1093/nar/gkp1017
Elodie Portales-Casamar, Supat Thongjuea, Andrew T. Kwon, David Arenillas, Xiaobei Zhao, Eivind Valen, Dimas Yusuf, Boris Lenhard, Wyeth W. Wasserman and Albin Sandelin (2010) JASPAR 2010: the greatly expanded open-access database of transcription factor binding profiles. Nucleic Acids Research, vol. 38, Database issue, D105-D110; doi:10.1093/nar/gkp950
P. J. Kersey, D. Lawson, E. Birney, P. S. Derwent, M. Haimel, J. Herrero, S. Keenan, A. Kerhornou, G. Koscielny, A. Kähäri, R. J. Kinsella, E. Kulesha, U. Maheswari, K. Megy, M. Nuhn, G. Proctor, D. Staines, F. Valentin, A. J. Vilella and A. Yates (2010) Ensembl Genomes: Extending Ensembl across the taxonomic space. Nucleic Acids Research, vol. 38, Database issue, D563-D569; doi:10.1093/nar/gkp871
Paulino Pérez-Rodríguez, Diego Mauricio Riaño-Pachón, Luiz Gustavo Guedes Corrêa, Stefan A. Rensing, Birgit Kersten and Bernd Mueller-Roeber (2010) PlnTFDB: updated content and new features of the plant transcription factor database. Nucleic Acids Research, vol. 38, Database issue, D822-D827; doi:10.1093/nar/gkp805
Tags: bioinformatics, database, nar, nucleic acids research, transcription
singularityu
Posted by razor | Filed under Biotech, English
Daniel Reda’s talk on biotechnology and bioinformatics at the Singularity University.
Tags: bioinformatics, Biotech, singularityu
taverna
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Ha már tudomány meg reprodukálhatóság, akkor itt egy eszköz, ami legalább a számítógépen elvégzett elemzések reprodukálásában és nyomon követésében segíthet.
A Taverna projekt egy nyílt forráskódú eszközcsomag, amely különböző munkafolyamatok tervezésére és azok végrehajtására szolgál. A program megkönnyíti a különböző analízisek ismétlését, a weben található szolgáltatások és adatbázisok egy munkafolyamatba integrálását, amelyek igen különböző tudományterületekről származhatnak (biológia, kémia, zene, meteorológia, stb). Minimális informatikai tudással aránylag komplex munkafolyamatok állíthatók össze.
A webes szolgáltatások tekintélyes része természetesen a bionformatika területéről származik, de azért mások is vannak. Megfelelő WSDL (Web Service Description Language) dokumentum segítségével, amely az adott szolgáltatás tulajdonságait részletezi, szinte bármi felhasználható a munkafolyamatokban. Ezek mellett a BioMoby, BioMart szolgáltatások, esetleg helyi java programok, egyebek is működnek. A weben elérhető szolgáltatások részletes listája a régebben már emlegetett BioCatalogue oldalon tekinthető meg.
A Taverna (és egyéb szoftverek) munkafolyamatainak megosztására és publikálására pedig itt van a myExperiment, ahova akár Excel makrókat vagy SPARQL lekérdezéseket is fel lehet tölteni, de azért a döntő többség a Tavernából származik. A kész folyamatok letöltése és felhasználása mellett természetesen itt is lehet vadul címkézni, csillagozni, barátokat jelölni vagy éppen csoportokat kreálni érdeklődésnek megfelelően.
Duncan Hull, Katy Wolstencroft, Robert Stevens, Carole Goble, Mathew R. Pocock, Peter Li and Tom Oinn (2009) Taverna: a tool for building and running workflows of services. Nucleic Acids Research, vol. 34, Web Server issue, pp. 729-732; doi:10.1093/nar/gkl320
David De Rourea, Carole Goble and Robert Stevens (2008) The design and realisation of the myExperiment Virtual Research Environment for social sharing of workflows. Future Generation Computer Systems, Volume 25, Issue 5, pages 561-567; doi:10.1016/j.future.2008.06.010
Tags: biocatalogue, myexperiment, taverna
random videos 4
Posted by razor | Filed under English, Művészkedés
Androids With Delayed Reactions (Excerpt) by Zan Lyons (via transceiverfreq). Anybody has any more information on this? No, Google is not my friend this time.
The Mercy Cage – Other Suicides “Fragments”. Myspace and Youtube sez “more soon”.
Tags: the mercy cage, zan lyons