spime-ok a laborban
Posted by razor | Filed under Filozofálás
Mostanában több komoly vagy komolytalan kutatási téma is felmerült bennem, itt az első.
A dolog valahol Bruce Sterling Shaping Things című művével indult, amely többek között a spime-nak nevezett objektumokról/tárgyakról szól. A könyv egyik felvetése nagyon röviden és egyszerűsítve az, hogy mi lenne, ha a tárgyak és általában a környezet összes mérhető, megfigyelhető információját rögzítenénk, hiszen a tárhely úgyis olcsó, és ezáltal rengeteg olyan mintázat, esemény, történés lenne később kielemezhető, amelyre aktuálisan nem gondolunk, nem tartjuk fontosnak.
Ezt a felvetést lehetne tesztelni az esetleges labormunka folyamán, amikor minden létező elérhető kísérletes adatot, pozíciót és környezeti változót folyamatosan mérünk, a lehető leginkább automatizált formában. Tehát nem csak az a mérési eredmény kerül bele a jegyzőkönybe (ha van egyáltalán, ugye), amit a kutató jónak tart, hanem az összes, a rossz, félresikerült, félbehagyott is. Nem csak egy általános kémiai név szerepel a protokoll leírásában, hanem a minél pontosabb meghatározás, az eladó cégtől kezdve, a napi (óránkénti?) fogyáson át, a pontos koncentrációig. Természetesen a publikált cikkek alapján úgy tűnik, hogy ténylegesen ez történik, de a valóság általában ennél sokkal kiábrándítóbb, és külön poszt(sorozat)ot érne.
Ezek mellett valamilyen módon az összes műszer állapota, a labor klímája (hőmérséklet, fényerősség, páratartalom, stb), és ami sok problémát vet fel, viszont a legérdekesebb, a kutatók pszichés/fizikai állapota, munkaritmusa, munkamódszerei, méréseinek pontossága, az általa preferált módszerek, anyagok, protokollok részletei is rögzítésre kerülnének.
Ezek mellett a kísérletekben felhasznált minták (szövetek, patkányok, búzacsírák, baktériumok, minden más) karakterizálása is sokkal pontosabban történne, a mostani néha igen pongyola leírások helyett.
A végeredmény egy tekintélyes adathalmaz, amiben az után lehet kutakodni, hogy ki mennyire torzít a méréseinél? A kísérlet tényleg reprodukálható-e? A Béla vajon tényleg mindig felülbecsüli a mintában az RNS mennyiségét? Tényleg különbség van a labor 2 átellenes sarka vagy a X cég és Y cég elvileg azonos vegyszerei között?
Mindez valószínűleg sok technikai, etikai és hasonló problémát vetne fel, nem is biztos, hogy hosszú távon folyamatosan működőképes lenne egy ilyen laborkörnyezet, de bizonyára tanulságos lenne, és talán a “tudományos módszer” kissé kritikusabb vizsgálatára is ösztönözne.
Tags: bruce sterling, kísérlet, labor, spime, tudományos módszer
July 28th, 2009 at 14:40
Szóval, ez teljesen más struktúrájú laborokat (labrokat?) igényelne (ha egy légtérben egyszerre négy kisérlet megy (és miért ne menne?), akkor az minimum megtizenhatszorozza az adatmennyiséget.
A másik probléma pl. a terepen gyűjtött minták kezelése. Mondjuk egy vízmintánál elvileg csak a vizespalack mérete szab határt, de pl. ha szennyezettséget mérsz állatokban, akkor egy mintagyűjtés után lesz X darab “egered”, mondjuk, szervenként Y (de baromi kevés) g mintával, ez ritkán addig sem tart ki, ameddig a mért adatokat meg nem kapod.
Egy jól belőtt metodologia után ideális esetben (hibáktól eltekintve) a “torzítás” egyenletes.
(Nem véletlen az élelmiszeriparban sem a HACCP – nem kell az egész folyamatot végigellenőrizni/adatot gyűjteni, a rendszer egésze mégis kontrollálva van.)
July 28th, 2009 at 15:00
Erre én úgy gondoltam, hogy maga a labormunka megfigyelése lenne a kísérlet, és ez valóban nem tartható folyamatosan, hosszabb távon, de nem is ez a cél, nem akarom úgy általánosságban megreformálni a labor és kutatási struktúrát :).
+ nem új standard-ot akarok felállítani, csak egyszer megnézni, hogy mi is a helyzet a sokat hangoztatott megismételhetőséggel, és objektivitással.
Ugyanis ez eléggé siralmas tud lenni saját tapasztalatok alapján és az egyenletes torzításra elég sokszor rárakódik még a hanyagságból, oda nem figyelésből, hasonlókból adódó hiba, bár lehet csak én látom ilyen siralmasan a helyzetet, de néha végignézve a dolgokat a kísérleti elrendezés megszülésétől a cikk megírásáig, hát inkább kiugranék az ablakon.
August 1st, 2009 at 14:56
Egy prof doktorijában (nevét nem akarom leírni) van állítólag egy olyan rész, ami arról szól, hogy a tejpor szállító vonat és a tátalaj összetevőit szállító vonat összeütközött, és összekeveredtek. A kísérletek sorban sikerültek, majd mikor elfogyott a táptalaj és újat rendeltek, utána semmi nem sikerült.
Egy másik anekdota szerint pedig egy laboráns azt akarta, hogy a főnöke örüljön, ezért mindíg olyan eredményeket “állított elő” amilyet a kísérlet vezető szeretett volna. A történet akkora hatással volt a témavezetőmre, hogy csak a poszter írásakor tudtam meg pontosan, mire is ment ki az a sok kísérlet, amit gépként csináltam.
August 1st, 2009 at 19:08
Én konkrétan csináltam olyan kísérletet főnöki utasításra, amikor a fél éves romlott olasz tejport használtam az antitestek nem specifikus kötődésének maszkolásához a SOTE-n (aztán el is mentem bioinformatikusnak).