szolgáltatások & adatbázisok
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Mivel mostanában roppant divatos RSS feed-ek és hasonlók formájában kicincálni az adatokat mindenféle adatbázisokból különféle API-kon és egyebeken keresztül, aztán konvertálni, nyaggatni, szétszedni, összerakni őket, néhány, talán bioinformatikusok számára is használható dolgot szedtem ide össze.
Az általánosabban használható dolgok közé tartozik a Yahoo Pipes, amiről gondolom sokan hallottak. Segíségével a különféle adatforrások, mint például RSS és Atom feed-ek, CSV, XML, JSON adatok, vagy a Yahoo/Google különféle szolgáltatásainak, esetleg a Yahoo Query Language-nek az eredményei rendezhetők, kategorizálhatók, filterezhetők és alakíthatók össze-vissza, emellett némi szövegelemzésre, képek vagy geográfiai adatok integrálására is lehetőség van. Természetesen mindez megtehető akármilyen bioinformatikai adatbázis adataival is, ha azok a fenti formátumokban köpik vissza az eredményeket.
Hasznos kiegészítés a fentihez a Feedity vagy a page2rss szolgáltatása, ahol a fenti adatformátumokat nem ismerő weboldalak pofozhatók RSS feed-be némi HTML/CSS ismeret és bűvészkedés után.
Bioinformatikai adatbázisok és szolgáltatások esetében a BioCatalogue vagy az Embrace Registry segíthet a megfelelő szolgáltatás felkutatásában. Az Embrace Registry tulajdonképpen a BioCatalogue európai, szűkebb körű béta verziója. A cél a különféle eléggé szétszórt szolgáltatások összegyűjtése, tárolása és ellenőrzése. A leírás tartalmazza a szolgáltatások címét, a használt protokollt, portot és formátumot, másrészt időnként ellenőrzi magát a szolgáltatást és egy referenciával összehasonlítva státuszjelentést ad annak működéséről. A szolgáltatások a statisztikakészítéstől kezdve, a fehérjemodellezésig, vagy az egyszerű szekvenciaműveletekig, BLAST keresésig igen sokmindent átfognak.
Említésre méltó még a bioDBnet, amely a bioinformatika egyik rákfenéjére, a különböző adatbázisok különböző azonosítóinak oda-vissza konvertálására ad megoldást. Pillanatnyilag 166 különféle adatbázist, azonosítótípust, és az ezek konvertálásához szükséges információkat tartalmazza.
S. Pettifer, D. Thorne, P. McDermott, T. Attwood, J. Baran, J. C. Bryne, T. Hupponen, D. Mowbray and G. Vriend (2009) An active registry for bioinformatics web services. Bioinformatics 25 (16): 2090-2091; doi:10.1093/bioinformatics/btp329
Carole Goble and David De Roure (2008) Curating Scientific Web Services and Workflows. Educause Review, vol. 43, no. 5 (September/October 2008); link
Uma Mudunuri, Anney Che, Ming Yi and Robert M. Stephens (2009) bioDBnet: the biological database network. Bioinformatics 25 (4): 555-556; doi:10.1093/bioinformatics/btn654
Tags: adatbázis, biocatalogue, bioDBnet, Bioinformatika, embrace, feedity, page2rss, pipes, Szolgáltatás
January 11th, 2010 at 12:50
[...] java programok, egyebek is működnek. A weben elérhető szolgáltatások részletes listája a régebben már emlegetett BioCatalogue oldalon tekinthető [...]