indexhu tudomány
Posted by razor | Filed under Biotech
Na akkor nézzük azt a siralomvölgyet ami az index.hu Tudomány rovata címen fut. Mostanában két cikk érintett aránylag fájdalmasan, mivel van némi fogalmam az ott leírt dolgokról, ellentétben mondjuk az elméleti fizika témakörben írtakkal, de hát az meg gondolom az elméleti fizikusoknak okoz hajtépést, izomrángást és sírógörcsöket.
Mielőtt belelendülnék, elmondanám, hogy nem az a probléma, hogy leegyszerűsítve írnak, és sokszor csak újraközölnek máshol már megjelent híreket, hanem az, hogy egyészt nincs semmi forrásmegjelölés, és sokszor félórás munka mire sikerül az eredeti Nature, Science, PNAS, stb cikkhez eljutni, másrészt pedig igen szövevényes utakon jut el idáig az információ, amit senki nem ellenőriz, csak másol és tükörfordít, aztán égbekiáltó baromságok kerülnek ki a címlapra.
Kezdésnek van mondjuk egy Nature cikk, 2 nappal később kijön róla egy PR-cikk, esetleg egy rövidített, átlag halandóknak szánt verzió, ezt átveszi valami tudományos ismeretterjesztő magazin (New Scientist, stb), utána az MTI csinál valami hulladék fordítást, aztán az idomított majom (kutya?) nyom egy Ctrl+C Ctrl+V kombinációt és már kész is az index hír.
Tehát az első: Megfejtették a HIV vírus genomját
A cím rögtön gyanús, mégis hogyan fejtünk meg egy genomot? Lehet hogy talán megszekvenálták, vagy esetleg a genomban sikerült végre meghatározni a különböző gének, funkcionális elemek helyét? Az hogy megszekvenálták, nem kéne hogy hír legyen, aránylag rutinosan szekvenálják a HIV és egyéb vírusok különböző törzseinek a genomi szekvenciáját, rendszeresen cikkek születnek a témából, és a publikus szekvenciaadatbázisokban tucatszám lehet megtalálni őket A különböző gének elhelyezkedése is aránylag jól ismert, szóval akkor mi történt?
Jön az kezdőmondat: “Már a tudósok kezében az AIDS vírusának genetikai kódja.” Sajnálatos módon (a cikk szempontjából legalábbis) a genetika kód már elég régóta a tudósok kezében van, a Khorana, Holley és Nirenberg nevű úriemberek 1968-ban kaptak érte Nobel díjat. Később még történtek kisebb finomítások, de az biztos, hogy nem most került a kutatók kezébe.
Néhány fájdalmas részt átugorva itt a következő faszság, valami zavaros szöveg RNS-ről, DNS-ről, kivételekről és roppant bonyolult kódolási formákról. Vírusok körében eléggé elterjedt, hogy a genetikai információt egy vagy kétszálú RNS, esetleg egyszálú DNS formában tárolják, ellentétben például az emberrel. Ez azonban nem jelenti azt, hogy a többé-kevésbé univerzális genetikai kód más lenne.
Tulajdonképpen sokkal egyszerűbb ezután megkeresni az eredeti cikket, és legalább az összefoglalót elolvasni, mivel a Nature sajnos előfizetéses. Ebből kiderül, hogy egy HIV vírus genomjának RNS struktúráját/térszerkezetét karakterizálták igen nagy pontossággal, mivel valószínűleg a konzerválódott térszerkezeti elemek is fontosak a különböző gének kifejeződésében, és valamilyen, pillanatnyilag még nem igazán értett mechanizmus(ok) segítségével ezek a térszerkezeti elemek modulálják, és finomhangolják azt. Emellett a térszerkezeti elemek valószínűleg a fehérjék felcsavarodásában (folding) is szerepet játszanak.
[BTW, ennek igen érdekes következményei lehetnek akármilyen más faj génexpressziójának vizsgálatakor is, ha az RNS térszerkezet valamilyen szabályozó motívumokat tartalmaz, ami a génexpresszióba beleszól.]
És akkor a második: Egy hét alatt kész az emberi genom leírása
Hasonlóan az előzőhöz, itt is genetikai kód van (ami baromság), meg a genom leírása. Később azért pontosítják a cikkben, hogy mit is jelent ez, valójában csak a DNS bázissorrendjét sikerült meghatározni egy igen gyors módszerrel, az, hogy pontosan mi miért történik a genomban, pontosan hol helyezkednek el a funkcionális elemek (gének, szabályozó régiók, stb) még igen komoly, évekig, évtizedekig tartó munkát fog igényelni.
A “genomleírás” szó lehet, hogy csak engem irritál, de olyan hogy “szekvenciálás” nincs. Szekvenálás van , de ha hülyék vagyunk és az angol “sequencing” szót akarjuk lefordítani mindenféle háttérinformáció, utánajárás nélkül, akkor lehet hogy mégis van.
A témához tartozik még, hogy itt ráadásul az eredeti cikk is igen sokat csúsztat, torzít és játszik az adatokkal, több blogban is kielemzik az állításokat. Lásd itt, itt vagy itt.
A szekvenálási technológia fejlődének hatásaival pedig azért óvatosabban kéne bánni. Az éppen lehetséges, hogy 5 év múlva beleköpünk egy kémcsőbe és 10 perc múlva megvan a genomszekvencia, de hogy ez pontosan mit jelent, hogy kezeljük, mik az etikai vonatkozásai, miben segíti az orvost, nagyságrendekkel komolyabb probléma, főleg akkor, ha se a páciensnek, se az orvosnak nincs megfelelő háttérismerete.
