Comments on: bioperl és motívumok

By: razor

razor — Wed, 23 Sep 2009 13:14:38 +0000

hát javasolnám hogy itt keresgélj programok, webhelyek után, esetleg google -> promoter prediction egyébként meg ez fogós kérdés, hogy meddig vannak egy promóterben funkcionális elemek. olyan 500 bp-t mindenféleképpen javasolnék, de sajna előfordul hogy a TSS-től akár több kilobázisra is vannak funkcionális elemek, amit nem biztos, hogy bioinformatikai módszerekkel megtalálsz. esetleg a jaspar adatbázis kötőhelyeivel keress mondjuk 2-3000 bp szakaszon, és az kidobja az esetleges funkcionális elemeket, bár sok lesz a fals pozitív, vagy megpróbálhatod megkeresni (reklám jön) a DoOP adatbázisban a gént és utána a promóter konzervált régióit.

By: mikron

mikron — Tue, 22 Sep 2009 21:31:55 +0000

Ez igen kedves tőled, akkor ide írok, mert így másnak is segíthet. Tudnál esetleg valami jó promóter predikciós programot ajánlani?

Szeretném ugyanis az általam vizsgált fehérjét a saját promóterével termeltetni egy sejtvonalban, ehhez a gént promóterestül klónoznám. Humán sejtekről van szó, a gén starthelye, hossza, intronok, UTR-ek mind ismertek, viszont a hozzá tartozó promóter nem. Nem tudsz véletlenül olyan programot ajánlani aminek beadom azt a néhány Kb-nyi szekvenciát a startkodon előtt és megmondja, hogy hol a promóter benne? Így akkor tudnám, hogy mekkora darabot kell klónoznom.

Mindenfajta segítséget előre is köszi.

By: razor

razor — Tue, 22 Sep 2009 19:31:35 +0000

Köszönöm :)

Ha esetleg kérdés van, nyugodtan jöhet ide, esetleg a razor [at] thisdomain címre.

By: Mikron

Mikron — Tue, 22 Sep 2009 14:43:48 +0000

Ez egy mekkora jó oldal! Ma egész nap primerek tervezésével szenvedek, de most legalább újra kedvet kaptam hozzá.

Ráadásul épp egy promótert keresek egy szekvenciában. Remélem az itt megadott oldalakkal talán sikerül…