adatok! adatok!
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Három új (nekem legalábbis azok) szolgáltatás röviden. Aztán idővel majd lesz link és cikkösszefoglaló megint, és jönnek a további ismertetők az alap bioinformatikai programokról. Bónusznak meg a kukorica törpeség vírusok köpenyfehérje RNS-ének stabilitásáról is ejtek majd néhány szót, ha lesz elfogadott cikk belőle végre, és nem akasztom fel magam a szarabbnál szarabb RNS szerkezetmodellező programokkal való küzdés közben.
Az első az infochimps.org, amit egy link erejéig már megemlítettem, de most bővebben. Az oldal és adatbázis célja, hogy alapvetően nagy mennyiségű nyers adathalmazokat lehessen rajta tárolni, cserélni, eladni és venni. A tőzsde és időjárás adatoktól kezdve a MusicBrainz metaadatokig sokminden megtalálható, változó formátumokban (YAML, CSV, Excel), miközben ügyelnek arra, hogy adatok forrása ellenőrizhető legyen. Ezek mellett vannak külső adatforrások is, ahol wikipédia szerűen csak egy leírás található a linkek mellett, ami az adatokra mutat. A bioinformatikusok számára érdekes adatok (genomok, microarray adatok, stb) nagy része pillanatnyilag ide tartozik.
A Tranche projekt egy ingyenes, open source fájlmegosztó alkalmazás, ami nagymennyiségű adat tárolására és megosztására szolgál. Alapvetően kutatók számára készült, és egy jól skálázható, titkosított, elosztott fájlrendszert használ, ráadásul a segítségével az adatok idézhetők is különböző cikkekben. Pillanatnyilag még kissé kiforratlan, de szerintem rövidesen tesztelem.
A novo|seek egy új cikk, szabadalom és pályázatkereső, ami leginkább talán a GoPubmed-hez hasonlítható. A szokásos menthető keresések, figyelmeztetések, rss feedek és hasonlók mellett talán az a legnagyobb erőssége, hogy nem kizárólag kulcsszavak alapján keres, hanem mindenféle szöveganalízis és okos algoritmusok alapján a keresési koncepciókat próbálja értelmezni, és ha egy betegségre próbálunk keresni, akkor a hozzá kapcsolódó gyógyszerekről, egyebekről is kidob találatokat.
Tags: adatbázis, infochimps, keresés, novoseek, szoftver, tranche
October 30th, 2009 at 10:43
Thank you so much for your recommendation. We hope you enjoy using our tool and find it useful for your activities. In addition, we will be happy with your suggestions for improving the searcher.