supp.mat.
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Lassan sikerül a végére érnünk egy cikknek, és a különféle mellékletek pofozgatása közben jutott eszembe, hogy a supplementary material-ként csatolt adatsorok kezelése általában milyen nehézkes. Ide ugye azok az adatok kerülnek, amik a cikkbe már nem férnek bele, alapvetően a méretük miatt. A részletes módszerleírásoktól eltekintve általában különféle táblázatokról, összesítésekről van szó, amiket gusztustalan excel táblázatokban publikálunk. Ideális esetben akad egy-egy csv vagy tab delimited fájl is, de azt az átlag kutatók nem nagyon fogják nézegetni, feldolgozni.
Kérdés, hogy milyen egyéb opciók vannak az excel tábla és csv fájl helyett, ha olyan adatot akarunk publikálni, ami mondjuk nem egyszerű szekvenciaadat, microarray eredmény, fehérje térszerkezet vagy valami hasonló, nagy méretű adatsor, hanem például a mi esetünkben egy megszűrt és rövid microarray adatsor, egy Gene Ontology elemzés eredménye, csírázási és vigortesztek adatai + a hozzájuk tartozó statisztikai tesztek táblázatai.
A friendfeed-en feltett kérdés és némi turkálás után hirtelen a következő ötleteim vannak: publikus Google Docs spreadsheet, saját weboldal, amihez most annyira nincs kedvem, OpenWetWare, Many Eyes vagy Factual. Rövidesen tesztelem őket, aztán majd úgyis beszámolok, ha meglesz a cikk (vagyis legalább odáig sikerül eljutni, hogy van egy DOI).
Tags: adat, adatbázis, excel, factual, many eyes, openwetware, publikálás
