taverna
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Ha már tudomány meg reprodukálhatóság, akkor itt egy eszköz, ami legalább a számítógépen elvégzett elemzések reprodukálásában és nyomon követésében segíthet.
A Taverna projekt egy nyílt forráskódú eszközcsomag, amely különböző munkafolyamatok tervezésére és azok végrehajtására szolgál. A program megkönnyíti a különböző analízisek ismétlését, a weben található szolgáltatások és adatbázisok egy munkafolyamatba integrálását, amelyek igen különböző tudományterületekről származhatnak (biológia, kémia, zene, meteorológia, stb). Minimális informatikai tudással aránylag komplex munkafolyamatok állíthatók össze.
A webes szolgáltatások tekintélyes része természetesen a bionformatika területéről származik, de azért mások is vannak. Megfelelő WSDL (Web Service Description Language) dokumentum segítségével, amely az adott szolgáltatás tulajdonságait részletezi, szinte bármi felhasználható a munkafolyamatokban. Ezek mellett a BioMoby, BioMart szolgáltatások, esetleg helyi java programok, egyebek is működnek. A weben elérhető szolgáltatások részletes listája a régebben már emlegetett BioCatalogue oldalon tekinthető meg.
A Taverna (és egyéb szoftverek) munkafolyamatainak megosztására és publikálására pedig itt van a myExperiment, ahova akár Excel makrókat vagy SPARQL lekérdezéseket is fel lehet tölteni, de azért a döntő többség a Tavernából származik. A kész folyamatok letöltése és felhasználása mellett természetesen itt is lehet vadul címkézni, csillagozni, barátokat jelölni vagy éppen csoportokat kreálni érdeklődésnek megfelelően.
Duncan Hull, Katy Wolstencroft, Robert Stevens, Carole Goble, Mathew R. Pocock, Peter Li and Tom Oinn (2009) Taverna: a tool for building and running workflows of services. Nucleic Acids Research, vol. 34, Web Server issue, pp. 729-732; doi:10.1093/nar/gkl320
David De Rourea, Carole Goble and Robert Stevens (2008) The design and realisation of the myExperiment Virtual Research Environment for social sharing of workflows. Future Generation Computer Systems, Volume 25, Issue 5, pages 561-567; doi:10.1016/j.future.2008.06.010
Tags: biocatalogue, myexperiment, taverna