adattenger
Posted by razor | Filed under Szolgáltatás
Ugye nem meglepő, hogy egyre nagyobb probléma a mindenféle szekvencia és egyéb kísérletes adatok kezelése, megosztása és elemzése. Két újabb próbálkozás a problémák megoldására a BioTorrents és a DNAnexus.
A BioTorrents arra jó, amit a neve is jelez, a bittorrent technológia segít a különböző adatok letöltésében és megosztásában. A torrent előnyeit gondolom nem kell taglalni, minnél többen…, elosztott terhelés…, stb, stb. Én többször majdnem megháborodtam, mire például FTP-n keresztül lehúztam az éppen szükséges BLAST adatbázist az NCBI szervereiről a hihetetlen sávszélességet és zökkenőmentes működést biztosító ADSL vonalon keresztül, ami egy egész kutatóintézetet lát el. Pillanatnyilag 27 torrent van az oldalon, könyvek, programok és szekvenciák vegyesen, valószínűleg nagyot lendítene a dolgon, ha valami nagy adatgyűjteményekkel rendelkező intézet (NCBI, EBI) odaállna a dolog mellé. Van cikk is a dologról, mégpedig a PLoS ONE-ban, emellett Morgan Langille interjút készített magával a BioTorrent-ről a blogján [+twitter].
Morgan G. I. Langille, Jonathan A. Eisen (2010) BioTorrents: A File Sharing Service for Scientific Data. PLoS ONE 5(4): e10071; doi:10.1371/journal.pone.0010071
Egy nagyon friss startup a DNAnexus [twitter]. A szolgáltatás lényege, hogy a különböző szekvenálómódszerekkel generált nyers adatmennyiség kezelését, tárolását és elemzését is elvégzik, a szekvenálást megrendelő kutatónak nem kell bajlódni hardver és szofterproblémákkal, hanem egy (remélhetőleg tényleg) könnyen és egyszerűen kezelhető webes felületen ér el mindent.
A cég pillanatnyilag a Solid és egyes Illumina platformokat támogatja, állítólag other platform supports coming soon, és egyszerű szekvenciaadatok mellett a Chip-seq, RNA-seq és egyéb kísérletek eredményeit is feldolgozzák, elemzik. Kérdés, hogy megéri-e egy kutatócsoportnak ezt használni, nem pedig a házi bioinformatikusokat. Nem hinném, hogy van még olyan komoly kutatóintézet, ahol ne lenne legalább egy-két biogeek, másrészt elég rugalmasak-e a szolgáltatások? A jól definiálható rutinfeladatok és elemzések mellett mindig bele lehet futni olyan problémákba, amiket még egy eléggé fejlett és általában jól alakítható szolgáltatás sem fog megoldani.
Tags: adat, adatelemzés, biotorrents, bittorrent, dnanexus, illumina, solid, startup
April 21st, 2010 at 17:56
Rohadt jó ez az oldal , tegnapelőtt találtam ide , és már egy csomó bejegyzést elolvastam.
Na nem nyalok tovább. Tényleg jó (lesz majd vmikor) ez a BioTorrents oldal.
Annyit akartam, h tudsz-e még olyan trackereket ahol kimondottan ilyen Scientific cuccok vannak. Pl friss publikációk , e-books stb , amikért fizetni kéne ugye. Biosz, fizika…, bármi jöhet.
Köszönettel és üdvözlettel : Jancsika
April 21st, 2010 at 18:50
Köszi! Kimondottan ilyen trackert nem tudok, de rengeteg olyan (általában meghívós) van, ahol sok könyv fent van, vagy éppen a Nature/Science beszkennelt számai, de ezeket azért annyira nem hirdetném itt és most.
A “friss publikációk” meg elég nagy kategória, én még az open access dolgokat is képetelen vagyok követni, akár csak a saját tágabb tudományterületemen.
April 21st, 2010 at 22:13
” …de ezeket azért annyira nem hirdetném itt és most.”
Jó ezt sejtettem :)
Másrészt persze én is ismerek ezt-azt ahonnan le lehet
töltögetni dolgokat. Meg persze ha egyetemista az ember,
akkor pl ott van az eisz.hu bár ez nem minden.
De, hogy a tudományos publikációkat (frisseket is)
miért kell fizetőssé tenni, máig nem értem. Közkicsnek
kéne lenniük, amit minden erővel inkább terjeszteni
kéne, ingyenesen.
Az a baj, hogy a tudomány rohadt gyorsan fejlődik, és az
emberiség nagyon-nagyon kis része birtokolja ennek a
tudásnak a nagy részét.