journal club
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English
Yesterday we had another journal club, and I gave a talk [again]. Now on next generation sequencing and large scale genome projects. Basically I just threw a bunch of links, ideas and names at the audience. This was the 10. journal club and we had 10!!! participants. Somehow the word pathetic came into my mind [...]
Tags: conservation, dna, expression, genome, journal club, nextgen, presentation, sequencing, topology
open science: doop
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English
The Database of Orthologous Promoters needs some debugging, cleanup, new features and updated data. I decided that I will publish all notes, problems, developments, data, graphs and results here, as an Open Science experiment. First, the main lines of future development are the following, in no particular order.
The web search interface needs some debugging, as [...]
Tags: database, doop, open science, promóter, redesign
diy bioinf pt 3
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
[A while ago I started a series of posts about the basics of bioinformatics, basic tools, programming, etc. It is intended mainly for my hungarian readers, with only limited knowledge in bioinformatics, so the posts are in hungarian.]
Eljutottam odáig, hogy kirakjak még egy kis bioinformatikai alapozást ide, az első két rész itt és itt található. [...]
Tags: Bioinformatika, bioperl, diybio, perl, script
nar db 2010
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English, Szolgáltatás
The Nucleic Acids Research 2010 Database Issue is out with 58 new, and 73 updated databases. The full online collection now contains 1230 databases. Besides the usual stuff, like updates on the NCBI, EBI, GeneBank or GeneOntology databases, it now contains descriptions of various resources in Japan, a new database from Slovakia, and lengthy discussions [...]
Tags: bioinformatics, database, nar, nucleic acids research, transcription
taverna
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Ha már tudomány meg reprodukálhatóság, akkor itt egy eszköz, ami legalább a számítógépen elvégzett elemzések reprodukálásában és nyomon követésében segíthet.
A Taverna projekt egy nyílt forráskódú eszközcsomag, amely különböző munkafolyamatok tervezésére és azok végrehajtására szolgál. A program megkönnyíti a különböző analízisek ismétlését, a weben található szolgáltatások és adatbázisok egy munkafolyamatba integrálását, amelyek igen különböző tudományterületekről [...]
Tags: biocatalogue, myexperiment, taverna
[sci]phone apps
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English
Since the end of december I own an iPhone, and when I’m not drooling over it, I’m trying to test the free or cheaper apps, somehow related to bioinformatics, genomics or in general, science. Some of them are listed below.
The genomePad app provides a mobile phone interface for the UCSC genome browser. You can [...]
Tags: apps, biobrick, biogps, bioinformatics, genomepad, iphone, labcal, molecules, pubmed, software
szoftverpublikálás
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Filozofálás
Már rágódtam rajta, hogy a klasszikus cikkek publikálása mellett a különféle adatokat és programokat is valami átláthatóbb rendszerben kéne a műértő közönség elé tárni. Most a különféle bioinformatikában, biológiában, vagy egyéb természettudományos területen használt és fejlesztett szoftverekről lesz szó. Boscoh hasonló dolgokról ír egyébként, csak hamarabb jutott a gép elé.
Gondolom nem ismeretlen szituáció, hogy valaki [...]
Tags: peer-review, publikálás, szoftver
supp.mat.
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Lassan sikerül a végére érnünk egy cikknek, és a különféle mellékletek pofozgatása közben jutott eszembe, hogy a supplementary material-ként csatolt adatsorok kezelése általában milyen nehézkes. Ide ugye azok az adatok kerülnek, amik a cikkbe már nem férnek bele, alapvetően a méretük miatt. A részletes módszerleírásoktól eltekintve általában különféle táblázatokról, összesítésekről van szó, amiket gusztustalan excel [...]
Tags: adat, adatbázis, excel, factual, many eyes, openwetware, publikálás
science waves
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
A Google Wave gondolom már mindenkinek ismerős, meg az is hogy nemrég osztottak ki 100.000 meghívót, tágabb körű tesztelésre és hasonlókra. Nekem is sikerült beszerezni egyet, és pillanatnyilag azt próbálom kitalálni, hogy mire is lesz jó. Email/chat helyettesítésnek nem biztos, hogy a legjobb, mindenféle online kollaborációkra már inkább, és ez akár tudományos cikkírást, vitákat, hasonlókat [...]
Tags: appspot, google, robot, tudomány, wave
adatok! adatok!
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Három új (nekem legalábbis azok) szolgáltatás röviden. Aztán idővel majd lesz link és cikkösszefoglaló megint, és jönnek a további ismertetők az alap bioinformatikai programokról. Bónusznak meg a kukorica törpeség vírusok köpenyfehérje RNS-ének stabilitásáról is ejtek majd néhány szót, ha lesz elfogadott cikk belőle végre, és nem akasztom fel magam a szarabbnál szarabb RNS szerkezetmodellező programokkal [...]
Tags: adatbázis, infochimps, keresés, novoseek, szoftver, tranche