natural computing
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English
A seminar by Grzegorz Rozenberg, titled “A Formal Framework for Processes Inspired by the Functioning of Living Cells: Natural Computing Approach” will be organized by the UPC, between the 7th and 11th of May. Looks very interesting, short abstract below, more detailes in this pdf. “Natural Computing is an interdisciplinary field of research that investigates human‐designed [...]
Tags: bioinformatics, informatics, natural computing
phd
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
[Frissítés: Nagy Tibor disszertációját is csatoltam [pdf], a MOFEXT program, és a DoOP API tekintélyes része az ő munkája.] Annak örömére, hogy meglett a phd fokozat, úgy döntöttem kirakom az elérhető információkat, az adatoktól kezdve a borzalmasan megírt forráskódokig és szövegekig. A téma a nagyon érdekfeszítően hangzó “Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és [...]
Tags: adatbázis, doop, doopsearch, phd, promóter, védés
journal club
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English
Yesterday we had another journal club, and I gave a talk [again]. Now on next generation sequencing and large scale genome projects. Basically I just threw a bunch of links, ideas and names at the audience. This was the 10. journal club and we had 10!!! participants. Somehow the word pathetic came into my mind [...]
Tags: conservation, dna, expression, genome, journal club, nextgen, presentation, sequencing, topology
open science: doop
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English
The Database of Orthologous Promoters needs some debugging, cleanup, new features and updated data. I decided that I will publish all notes, problems, developments, data, graphs and results here, as an Open Science experiment. First, the main lines of future development are the following, in no particular order. The web search interface needs some debugging, [...]
Tags: database, doop, open science, promóter, redesign
diy bioinf pt 3
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
[A while ago I started a series of posts about the basics of bioinformatics, basic tools, programming, etc. It is intended mainly for my hungarian readers, with only limited knowledge in bioinformatics, so the posts are in hungarian.] Eljutottam odáig, hogy kirakjak még egy kis bioinformatikai alapozást ide, az első két rész itt és itt [...]
Tags: Bioinformatika, bioperl, diybio, perl, script
nar db 2010
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English, Szolgáltatás
The Nucleic Acids Research 2010 Database Issue is out with 58 new, and 73 updated databases. The full online collection now contains 1230 databases. Besides the usual stuff, like updates on the NCBI, EBI, GeneBank or GeneOntology databases, it now contains descriptions of various resources in Japan, a new database from Slovakia, and lengthy discussions [...]
Tags: bioinformatics, database, nar, nucleic acids research, transcription
taverna
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Ha már tudomány meg reprodukálhatóság, akkor itt egy eszköz, ami legalább a számítógépen elvégzett elemzések reprodukálásában és nyomon követésében segíthet. A Taverna projekt egy nyílt forráskódú eszközcsomag, amely különböző munkafolyamatok tervezésére és azok végrehajtására szolgál. A program megkönnyíti a különböző analízisek ismétlését, a weben található szolgáltatások és adatbázisok egy munkafolyamatba integrálását, amelyek igen különböző tudományterületekről [...]
Tags: biocatalogue, myexperiment, taverna
[sci]phone apps
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English
Since the end of december I own an iPhone, and when I’m not drooling over it, I’m trying to test the free or cheaper apps, somehow related to bioinformatics, genomics or in general, science. Some of them are listed below. The genomePad app provides a mobile phone interface for the UCSC genome browser. You can [...]
Tags: apps, biobrick, biogps, bioinformatics, genomepad, iphone, labcal, molecules, pubmed, software
szoftverpublikálás
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Filozofálás
Már rágódtam rajta, hogy a klasszikus cikkek publikálása mellett a különféle adatokat és programokat is valami átláthatóbb rendszerben kéne a műértő közönség elé tárni. Most a különféle bioinformatikában, biológiában, vagy egyéb természettudományos területen használt és fejlesztett szoftverekről lesz szó. Boscoh hasonló dolgokról ír egyébként, csak hamarabb jutott a gép elé. Gondolom nem ismeretlen szituáció, hogy [...]
Tags: peer-review, publikálás, szoftver
supp.mat.
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Lassan sikerül a végére érnünk egy cikknek, és a különféle mellékletek pofozgatása közben jutott eszembe, hogy a supplementary material-ként csatolt adatsorok kezelése általában milyen nehézkes. Ide ugye azok az adatok kerülnek, amik a cikkbe már nem férnek bele, alapvetően a méretük miatt. A részletes módszerleírásoktól eltekintve általában különféle táblázatokról, összesítésekről van szó, amiket gusztustalan excel [...]
Tags: adat, adatbázis, excel, factual, many eyes, openwetware, publikálás
