science waves
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
A Google Wave gondolom már mindenkinek ismerős, meg az is hogy nemrég osztottak ki 100.000 meghívót, tágabb körű tesztelésre és hasonlókra. Nekem is sikerült beszerezni egyet, és pillanatnyilag azt próbálom kitalálni, hogy mire is lesz jó. Email/chat helyettesítésnek nem biztos, hogy a legjobb, mindenféle online kollaborációkra már inkább, és ez akár tudományos cikkírást, vitákat, hasonlókat [...]
Tags: appspot, google, robot, tudomány, wave
adatok! adatok!
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Három új (nekem legalábbis azok) szolgáltatás röviden. Aztán idővel majd lesz link és cikkösszefoglaló megint, és jönnek a további ismertetők az alap bioinformatikai programokról. Bónusznak meg a kukorica törpeség vírusok köpenyfehérje RNS-ének stabilitásáról is ejtek majd néhány szót, ha lesz elfogadott cikk belőle végre, és nem akasztom fel magam a szarabbnál szarabb RNS szerkezetmodellező programokkal [...]
Tags: adatbázis, infochimps, keresés, novoseek, szoftver, tranche
bioperl és motívumok
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
A linkek mellett lesz majd egy többé-kevésbé rendszeres szekció a transzkripcióval, promóterekkel, promóter elemzéssel, motívumkereső módszerekkel, adatbázisokkal foglalkozó aktuális cikkekről is. Bevezetésnek itt egy tavalyi előadás, hátha. A hülye címet nem én találtam ki.
Tags: bioperl, dns, előadás, motívum, promóter, transzkripció
openid kutatóknak
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
A folyóirat/cikk publikálás változásaival együtt lassan, de biztosan változik az is, hogy egy kutató “output”-ját hogyan értékeljük, és ami szintén igen lényeges, hogyan gyűjtjük össze, milyen statisztikákkal rendelkezünk róla. Cikkek esetében már ott van a DOI (Digital Object Identifier), ami egyértelműen beazonosít egy irományt, akkor is ha annak helye és/vagy tartalma változik, kutatóknál azonban még [...]
Tags: doi, openid, publikálás, researcherid
presentation @ szeged
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Biotech, English
This was my presentation at Szeged, in the first session called “Gene isolation strategies in the genomic era” of the 8th International Symposium on “New development in green gene technology”. More stuff later.
Tags: bioinformatics, Biotech, database, doop, plants, presentation, szeged
new developments in green gene technology
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Biotech, English
Tomorrow (today?) starts the conference called New developments in green gene technology at Szeged. I will give a talk in the first section, called “Gene isolation strategies in the genomic era”. My topic doesn’t fit into this very well, but I suspect that the organizers were hunting for people all summer, so I’ll have 20+5 [...]
Tags: bioinformatics, Biotech, conference, plants, szeged
open src, science, data
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Filozofálás
Az elmúlt néhány évben a tudományos folyóiratkiadás területén elég nagy változások történtek, történnek, de ez nem újdonság. Az open access újságoktól kezdve egészen addig, hogy néhányan végre kijelentették, az impakt faktor, és az arra alapuló bírálati rendszerek márpedig szarok, a Nature cikk valójában semmire sem garancia, se a kutatás színvonalára, se annak fontosságára. Az összesített [...]
Tags: adat, Bioinformatika, IF, internet, peer-review, publikálás, szoftver, Szolgáltatás
csama 2009
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
Mielőtt teljesen elfelejteném, megemlíteném, hogy június 14 és 19 között Olaszországban, Bressanone-Brixen városában rontottam a levegőt egy microarray kurzuson, és akkor még nem volt biopunk.hu és élő közvetítés, tehát csak arra hívnám fel a figyelmet, hogy a weboldalukon az egy hetes tanfolyam minden fontosabb anyaga megtalálható itt. A témakörök a következők voltak: Introduction to R [...]
Tags: bioconductor, microarray, r, statisztika, tutorial, workshop
diy bioinf pt 2
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
A hasznos és ingyenes eszközök közül az R és a Bioconductor a következő, amit érdemes megemlíteni (és megtanulni). Az R egy adatokkal való bűvészkedésre, statisztikai számításokra és azok grafikus megjelenítésére specializálódott programozási nyelv. A klasszikus statisztikai tesztektől kezdve a nemlineáris modellezésig sokminden elvégezhető a segítségével. Hihetetlen mennyiségű különböző csomag áll rendelkezésre a CRAN adatbázisban, amelyek [...]
Tags: adatelemzés, bioconductor, Bioinformatika, diybio, emboss, linux, r, wemboss
data scientist
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
Nemrég bukkantam rá egy tanulmányra, és néhány blogposztra, amik az adatokkal, adatelemzéssel foglalkozó kutatókról szólnak. Az új terület/téma/kutatófajta a “data scientist” nevet kapta, és valahol az informatikus, statisztikus, dizájner kategóriák között helyezkedik el. Az eredeti tanulmány Angliában készült, és az adattudósok (?) karrierlehetőségeivel, szerepével, képességeivel, lehetőségeivel foglalkozik. Négy nagy csoportot különböztet meg, az adattudós csak [...]
Tags: adat, adatbázis, Bioinformatika, data scientist, statisztika
