keresők 2010
Posted by razor | Filed under Szolgáltatás
Újabb keresőszolgáltatások itt is, a twitterre kiböfögött linkek után. A SciSurfer egy többé-kevésbé valós idejű kereső, amely a mindenféle tudományos folyóiratok cikkeinek absztraktjaiban keres. Kezdésnek behúzza a folyóiratok RSS feedjét, integrálja ezeket, majd ehhez biztosít egy felületet amely egy Google login segítségével egyszerűen elérhető, mindenféle fájdalmas külön regisztráció nélkül. Lehetőség van egy adott folyóirat absztraktjainak [...]
Tags: biolit, journal, keresés, pubmed, scisurfer, search
adattenger
Posted by razor | Filed under Szolgáltatás
Ugye nem meglepő, hogy egyre nagyobb probléma a mindenféle szekvencia és egyéb kísérletes adatok kezelése, megosztása és elemzése. Két újabb próbálkozás a problémák megoldására a BioTorrents és a DNAnexus. A BioTorrents arra jó, amit a neve is jelez, a bittorrent technológia segít a különböző adatok letöltésében és megosztásában. A torrent előnyeit gondolom nem kell taglalni, [...]
Tags: adat, adatelemzés, biotorrents, bittorrent, dnanexus, illumina, solid, startup
on mendeley
Posted by razor | Filed under English, Szolgáltatás
I almost finished importing and correcting a large number of articles, books, tutorials and other stuff into Mendeley, and I promised on twitter to write about bugs, needed features, etc. In general, the title and author extraction is quite good by now, but there are some problems with journal titles, volume and page numbers, issues [...]
Tags: annotation, articles, journals, mendeley, metadata, pdf, software
nature.com app
Posted by razor | Filed under English, Szolgáltatás
A new iPhone app for nature.com is available at the iTunes store. The interesting part is that you can access all content freely for a while, as the developers are gathering user feedback. So if you have an iPhone, go for it and download the site (or at least the articles you always wanted, but [...]
Tags: app, iphone, nature, nature.com, science
nar db 2010
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, English, Szolgáltatás
The Nucleic Acids Research 2010 Database Issue is out with 58 new, and 73 updated databases. The full online collection now contains 1230 databases. Besides the usual stuff, like updates on the NCBI, EBI, GeneBank or GeneOntology databases, it now contains descriptions of various resources in Japan, a new database from Slovakia, and lengthy discussions [...]
Tags: bioinformatics, database, nar, nucleic acids research, transcription
taverna
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Ha már tudomány meg reprodukálhatóság, akkor itt egy eszköz, ami legalább a számítógépen elvégzett elemzések reprodukálásában és nyomon követésében segíthet. A Taverna projekt egy nyílt forráskódú eszközcsomag, amely különböző munkafolyamatok tervezésére és azok végrehajtására szolgál. A program megkönnyíti a különböző analízisek ismétlését, a weben található szolgáltatások és adatbázisok egy munkafolyamatba integrálását, amelyek igen különböző tudományterületekről [...]
Tags: biocatalogue, myexperiment, taverna
hunscan
Posted by razor | Filed under Szolgáltatás
Update: mint kiderült, én egy tartalom nélküli, félig működő béta verzióról írtam, amit azonban sehol sem jeleztek. Azóta javult a helyzet. Oppenheim posztjára felfigyelve tegnap egészen fellelkesedtem, hogy nálunk is van valami szociális hálózatra hasonlító dolog kifejezetten kutatóknak, ráadásul mindez akadémiai kötődéssel. A HunSCAN címlapja a következővel nyit: A HunSCAN (Hungarian Science Communication Academic Network) [...]
Tags: akadémia, fail, hunscan, mta, tudomány
supp.mat.
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Lassan sikerül a végére érnünk egy cikknek, és a különféle mellékletek pofozgatása közben jutott eszembe, hogy a supplementary material-ként csatolt adatsorok kezelése általában milyen nehézkes. Ide ugye azok az adatok kerülnek, amik a cikkbe már nem férnek bele, alapvetően a méretük miatt. A részletes módszerleírásoktól eltekintve általában különféle táblázatokról, összesítésekről van szó, amiket gusztustalan excel [...]
Tags: adat, adatbázis, excel, factual, many eyes, openwetware, publikálás
science waves
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
A Google Wave gondolom már mindenkinek ismerős, meg az is hogy nemrég osztottak ki 100.000 meghívót, tágabb körű tesztelésre és hasonlókra. Nekem is sikerült beszerezni egyet, és pillanatnyilag azt próbálom kitalálni, hogy mire is lesz jó. Email/chat helyettesítésnek nem biztos, hogy a legjobb, mindenféle online kollaborációkra már inkább, és ez akár tudományos cikkírást, vitákat, hasonlókat [...]
Tags: appspot, google, robot, tudomány, wave
adatok! adatok!
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Három új (nekem legalábbis azok) szolgáltatás röviden. Aztán idővel majd lesz link és cikkösszefoglaló megint, és jönnek a további ismertetők az alap bioinformatikai programokról. Bónusznak meg a kukorica törpeség vírusok köpenyfehérje RNS-ének stabilitásáról is ejtek majd néhány szót, ha lesz elfogadott cikk belőle végre, és nem akasztom fel magam a szarabbnál szarabb RNS szerkezetmodellező programokkal [...]
Tags: adatbázis, infochimps, keresés, novoseek, szoftver, tranche
