supp.mat.
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Lassan sikerül a végére érnünk egy cikknek, és a különféle mellékletek pofozgatása közben jutott eszembe, hogy a supplementary material-ként csatolt adatsorok kezelése általában milyen nehézkes. Ide ugye azok az adatok kerülnek, amik a cikkbe már nem férnek bele, alapvetően a méretük miatt. A részletes módszerleírásoktól eltekintve általában különféle táblázatokról, összesítésekről van szó, amiket gusztustalan excel [...]
Tags: adat, adatbázis, excel, factual, many eyes, openwetware, publikálás
adatok! adatok!
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Három új (nekem legalábbis azok) szolgáltatás röviden. Aztán idővel majd lesz link és cikkösszefoglaló megint, és jönnek a további ismertetők az alap bioinformatikai programokról. Bónusznak meg a kukorica törpeség vírusok köpenyfehérje RNS-ének stabilitásáról is ejtek majd néhány szót, ha lesz elfogadott cikk belőle végre, és nem akasztom fel magam a szarabbnál szarabb RNS szerkezetmodellező programokkal [...]
Tags: adatbázis, infochimps, keresés, novoseek, szoftver, tranche
data scientist
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
Nemrég bukkantam rá egy tanulmányra, és néhány blogposztra, amik az adatokkal, adatelemzéssel foglalkozó kutatókról szólnak. Az új terület/téma/kutatófajta a “data scientist” nevet kapta, és valahol az informatikus, statisztikus, dizájner kategóriák között helyezkedik el. Az eredeti tanulmány Angliában készült, és az adattudósok (?) karrierlehetőségeivel, szerepével, képességeivel, lehetőségeivel foglalkozik. Négy nagy csoportot különböztet meg, az adattudós csak [...]
Tags: adat, adatbázis, Bioinformatika, data scientist, statisztika
szolgáltatások & adatbázisok
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Mivel mostanában roppant divatos RSS feed-ek és hasonlók formájában kicincálni az adatokat mindenféle adatbázisokból különféle API-kon és egyebeken keresztül, aztán konvertálni, nyaggatni, szétszedni, összerakni őket, néhány, talán bioinformatikusok számára is használható dolgot szedtem ide össze. Az általánosabban használható dolgok közé tartozik a Yahoo Pipes, amiről gondolom sokan hallottak. Segíségével a különféle adatforrások, mint például RSS [...]
Tags: adatbázis, biocatalogue, bioDBnet, Bioinformatika, embrace, feedity, page2rss, pipes, Szolgáltatás
pubmed alternatívák
Posted by razor | Filed under Szolgáltatás
Az NCBI PubMed adatbázisa az egyik mindenki által ismert, viszont nem túl átlátható (sőt, szerintem ocsmány kinézetű) cikk és folyóirat kereső adatbázis. Bizonyos mértékben érthető, hogy egy ekkora adatmennyiséghez tartozó felületet nem lehet csak úgy 5 perc alatt átszabni, de azért nem ártana igyekezni, mivel az eddigi kozmetikázások túl sok eredménnyel nem jártak. Szerencsére azonban [...]
Tags: adatbázis, cikkek, gopubmed, hubmed, keresőmotor, pubmed
doop és doopsearch
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
Mivel sokan és sokszor kínoztak már olyan kérdésekkel, hogy mit is csinálok, szépen sorban bemutatom a különféle témákat. Itt az első, lebutítva átlag halandók szintjére. A legrégebbi, amivel kezdtem, és amin keresztül megtanultam sok, biológushoz méltatlan (te biológus vagy és programozol, bazmeeeg?) dolgot, egy adatbázis és a hozzá tartozó keresőfelület fejlesztése volt. A neve Database [...]
Tags: adatbázis, Bioinformatika, dns, promóter
