diy bioinf pt 3
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
[A while ago I started a series of posts about the basics of bioinformatics, basic tools, programming, etc. It is intended mainly for my hungarian readers, with only limited knowledge in bioinformatics, so the posts are in hungarian.] Eljutottam odáig, hogy kirakjak még egy kis bioinformatikai alapozást ide, az első két rész itt és itt [...]
Tags: Bioinformatika, bioperl, diybio, perl, script
open src, science, data
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Filozofálás
Az elmúlt néhány évben a tudományos folyóiratkiadás területén elég nagy változások történtek, történnek, de ez nem újdonság. Az open access újságoktól kezdve egészen addig, hogy néhányan végre kijelentették, az impakt faktor, és az arra alapuló bírálati rendszerek márpedig szarok, a Nature cikk valójában semmire sem garancia, se a kutatás színvonalára, se annak fontosságára. Az összesített [...]
Tags: adat, Bioinformatika, IF, internet, peer-review, publikálás, szoftver, Szolgáltatás
diy bioinf pt 2
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
A hasznos és ingyenes eszközök közül az R és a Bioconductor a következő, amit érdemes megemlíteni (és megtanulni). Az R egy adatokkal való bűvészkedésre, statisztikai számításokra és azok grafikus megjelenítésére specializálódott programozási nyelv. A klasszikus statisztikai tesztektől kezdve a nemlineáris modellezésig sokminden elvégezhető a segítségével. Hihetetlen mennyiségű különböző csomag áll rendelkezésre a CRAN adatbázisban, amelyek [...]
Tags: adatelemzés, bioconductor, Bioinformatika, diybio, emboss, linux, r, wemboss
data scientist
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
Nemrég bukkantam rá egy tanulmányra, és néhány blogposztra, amik az adatokkal, adatelemzéssel foglalkozó kutatókról szólnak. Az új terület/téma/kutatófajta a “data scientist” nevet kapta, és valahol az informatikus, statisztikus, dizájner kategóriák között helyezkedik el. Az eredeti tanulmány Angliában készült, és az adattudósok (?) karrierlehetőségeivel, szerepével, képességeivel, lehetőségeivel foglalkozik. Négy nagy csoportot különböztet meg, az adattudós csak [...]
Tags: adat, adatbázis, Bioinformatika, data scientist, statisztika
diy bioinf pt 1
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
Ha már biopunk és DIYbio, akkor essen néhány szó a bioinformatika részéről is a dolognak, amit jóval könnyebb otthon is csinálni, és még a konyhában sem kell gyanús löttyöket öntögetni mindenfelé, hanem elég egy laptop. Először is az eszközök: ugyan láttam már embert, egézen pontosan egy darabot, aki Windows alatt próbálkozott a bioinformatikával, de azért [...]
Tags: adatelemzés, bash, Bioinformatika, bioperl, diybio, ensembl, gene ontology, linux, perl
szolgáltatások & adatbázisok
Posted by razor | Filed under Bioinformatika, Szolgáltatás
Mivel mostanában roppant divatos RSS feed-ek és hasonlók formájában kicincálni az adatokat mindenféle adatbázisokból különféle API-kon és egyebeken keresztül, aztán konvertálni, nyaggatni, szétszedni, összerakni őket, néhány, talán bioinformatikusok számára is használható dolgot szedtem ide össze. Az általánosabban használható dolgok közé tartozik a Yahoo Pipes, amiről gondolom sokan hallottak. Segíségével a különféle adatforrások, mint például RSS [...]
Tags: adatbázis, biocatalogue, bioDBnet, Bioinformatika, embrace, feedity, page2rss, pipes, Szolgáltatás
doop és doopsearch
Posted by razor | Filed under Bioinformatika
Mivel sokan és sokszor kínoztak már olyan kérdésekkel, hogy mit is csinálok, szépen sorban bemutatom a különféle témákat. Itt az első, lebutítva átlag halandók szintjére. A legrégebbi, amivel kezdtem, és amin keresztül megtanultam sok, biológushoz méltatlan (te biológus vagy és programozol, bazmeeeg?) dolgot, egy adatbázis és a hozzá tartozó keresőfelület fejlesztése volt. A neve Database [...]
Tags: adatbázis, Bioinformatika, dns, promóter
